Bước 1: Nộp hồ sơ Tổ chức, cá nhân gửi hồ sơ đến Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh Bến Tre, địa chỉ: Số 126A, đường Nguyễn Thị Định, Tổ 10, Khu phố 2, phường Phú Tân, thành phố Bến Tre, tỉnh Bến Tre, trong giờ làm việc, sáng từ 07 giờ đến 11 giờ, chiều từ 13 giờ đến 17 giờ từ thứ Hai đến thứ Sáu hàng tuần (trừ ngày lễ, Tết); hoặc nộp trực tuyến. Trung tâm Phục vụ Hành chính công tỉnh Bến Tre chuyển hồ sơ đến Chi cục Thủy lợi trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Bước 2: Hoàn chỉnh hồ sơ Trong 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ, Chi cục Thủy lợi có trách nhiệm xem xét, kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ và tham mưu Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình Ủy ban nhân dân tỉnh xem xét phê duyệt; trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, Chi cục Thủy lợi tham mưu Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thông báo cho tổ chức, cá nhân đề nghị cấp giấy phép hoàn chỉnh hồ sơ theo quy định.

Bước 3: Xem xét hồ sơ và trình phê duyệt Trong thời hạn 25 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đầy đủ hồ sơ hợp lệ, Chi cục Thủy lợi tham mưu Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổ chức thẩm định hồ sơ và trình Ủy ban nhân dân tỉnh xem xét, phê duyệt, nếu đủ điều kiện thì cấp phép; trường hợp không đủ điều kiện thì thông báo lý do không cấp giấy phép.