- Bước 1. Trong thời gian ít nhất 01 (một) ngày làm việc trước ngày thu hoạch, cơ sở thu hoạch phải đăng ký thu hoạch cụ thể như sau:

+ Đối với vùng thu hoạch nằm ngoài phạm vi quản lý của các Hợp tác xã Thủy sản: Đăng ký tại Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh Bến Tre (số 126A, đường Nguyễn Thị Định, tổ 10, khu phố 2, phường Phú Tân, thành phố Bến Tre, tỉnh Bến Tre) trong giờ hành chính, sáng từ 07 giờ đến 11 giờ, chiều từ 13 giờ đến 17 giờ từ thứ hai đến thứ sáu hàng tuần (trừ ngày lễ, tết) hoặc qua bưu điện hoặc trực tuyến.

+ Đối với vùng thu hoạch nằm trong phạm vi quản lý của các Hợp tác xã Thủy sản: không cần đăng ký, chỉ cần có hợp đồng mua bán với Hợp tác xã; Hợp tác xã sẽ thông báo đến Tổ giám sát thu hoạch nhuyễn thể hai mảnh vỏ (Tổ giám sát) tại Hợp tác xã (thông qua Hợp đồng mua bán giữa Hợp tác xã với cơ sở thu hoạch).

- Bước 2. Ngay sau khi nhận được đăng ký của cơ sở thu hoạch, Trung tâm Phục vụ Hành chính công tỉnh Bến Tre chuyển hồ sơ đến Chi cục Phát triển nông thôn và Quản lý chất lượng để giải quyết.

Đối với Tổ giám sát, sau khi nhận được thông báo từ Hợp tác xã, lập kế hoạch tổ chức kiểm soát thu hoạch tại hiện trường.

- Bước 3. Căn cứ vào thông tin cập nhật của Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường về vùng thu hoạch, Chi cục Phát triển nông thôn và Quản lý chất lượng, Tổ giám sát tổ chức kiểm soát thu hoạch tại hiện trường.

- Bước 4. Chi cục Phát triển nông thôn và Quản lý chất lượng cấp Giấy chứng nhận xuất xứ (Giấy chứng nhận xuất xứ được lập thành 02 bản, 01 bản chính cấp cho cơ sở thu hoạch và 01 (một) bản gốc lưu tại Chi cục Phát triển nông thôn và Quản lý chất lượng). Trong trường hợp đại diện Chi cục Phát triển nông thôn và Quản lý chất lượng chưa ký tên và chưa đóng dấu trên giấy chứng nhận xuất xứ tại hiện trường, Phiếu kiểm soát thu hoạch sẽ được cấp (Phiếu kiểm soát thu hoạch được lập thành 02 (hai) bản chính, gồm 01 (một) bản cấp cho cơ sở thu hoạch và 01 (một) bản lưu tại Chi cục Phát triển nông thôn và Quản lý chất lượng hoặc Tổ giám sát).