+ Bước 1: Trước thời hạn Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao hết hiệu lực 45 ngày, doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị cấp lại Giấy chứng nhận gửi trực tiếp hoặc qua đường bưu điện đến Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh Bến Tre (số 126A, đường Nguyễn Thị Định, Tổ 10, Khu phố 2, phường Phú Tân, thành phố Bến Tre, tỉnh Bến Tre) trong giờ làm việc, sáng từ 07 giờ đến 11 giờ, chiều từ 13 giờ đến 17 giờ từ thứ hai đến thứ sáu hàng tuần (trừ ngày lễ, tết) hoặc trực tuyến.

+ Bước 2:  Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ, Sở Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ, quyết định thành lập Tổ thẩm định hồ sơ công nhận doanh nghiệp ứng dụng công nghệ cao (sau đây gọi tắt là Tổ thẩm định) đối với các hồ sơ hợp lệ hoặc có văn bản thông báo cho doanh nghiệp về việc hồ sơ không đầy đủ, hợp lệ; thời gian doanh nghiệp bổ sung, hoàn thiện hồ sơ không tính vào thời gian thẩm định. Thành phần Tổ thẩm định có từ 7 đến 9 thành viên, gồm: Tổ trưởng là đại diện lãnh đạo; 01 thư ký và 01 chuyên viên phụ trách lĩnh vực nông nghiệp thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường; các thành viên khác gồm đại diện các Sở: Tài chính (01 cán bộ lĩnh vực tài chính và 01 cán bộ lĩnh vực kế hoạch và đầu tư); Tư pháp; Khoa học và Công nghệ; ngoài ra có thể mời thêm một số chuyên gia có liên quan. 

+ Bước 3: Trong thời hạn 07 ngày làm việc sau khi có quyết định thành lập, Tổ thẩm định tiến hành họp thẩm định hồ sơ khi có ít nhất hai phần ba số thành viên có mặt. Tổ thẩm định có trách nhiệm đánh giá hồ sơ do doanh nghiệp lập về tính đầy đủ, chính xác, đáp ứng các điều kiện theo quy định; lập biên bản họp gửi Sở Nông nghiệp và Môi trường.

+ Bước 4: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày họp, trên cơ sở kết quả họp Tổ thẩm định, Sở Nông nghiệp và Môi trường trình Ủy ban nhân dân tỉnh xem xét quyết định cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

+ Bước 5: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi nhận được kết quả tổng hợp từ Sở Nông nghiệp và Môi trường, Ủy ban nhân dân tỉnh có trách nhiệm quyết định cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao và gửi cho doanh nghiệp, trường hợp từ chối cấp Giấy chứng nhận phải có thông báo lý do bằng văn bản cho doanh nghiệp.