Bước 1: Tổ chức, cá nhân nộp 01 bộ hồ sơ đến Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh Bến Tre (số 126A, đường Nguyễn Thị Định Tổ 10, Khu phố 2, phường Phú Tân, thành phố Bến Tre, tỉnh Bến Tre) trong giờ làm việc, sáng từ 07 giờ đến 11 giờ, chiều từ 13 giờ đến 17 giờ từ thứ Hai đến thứ Sáu hàng tuần (trừ ngày lễ, tết) hoặc qua đường bưu điện hoặc trực tuyến.

Bước 2: Công chức Một cửa Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm việc tại Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh kiểm tra thành phần hồ sơ:

+ Trường hợp nộp trực tiếp: Nếu hồ sơ đầy đủ, hợp lệ theo quy định, tiếp nhận và chuyển Chi cục Thủy sản giải quyết; đối với hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ thực hiện hướng dẫn Tổ chức, cá nhân hoàn chỉnh, bổ sung hồ sơ.

+ Trường hợp nộp hồ sơ qua dịch vụ bưu chính hoặc qua môi trường mạng: Nếu hồ sơ đầy đủ, hợp lệ theo quy định, tiếp nhận và chuyển Chi cục Thủy sản giải quyết; đối với hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ, trong thời hạn không quá 02 ngày làm việc Chi cục Thủy sản có văn bản thông báo cho tổ chức, cá nhân biết bổ sung. 

- Trong thời hạn 07 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Chi cục Thủy sản thực hiện kiểm tra thực tế tại cơ sở nuôi sinh sản, nuôi sinh trưởng, trồng cấy nhân tạo loài thủy sản (nếu cần) và cấp Giấy xác nhận nguồn gốc theo Mẫu số 34.NT Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định số 26/2019/NĐ-CP; trường hợp không cấp Giấy xác nhận nguồn gốc Chi cục Thủy sản trả lời bằng văn bản, nêu rõ lý do.

- Đến hẹn (trong giờ hành chính) tổ chức, cá nhân mang theo giấy tiếp nhận hồ sơ và hẹn trả kết quả đến tại Trung tâm phục vụ hành chính công tỉnh nhận kết quả Tre hoặc gửi qua dịch vụ bưu điện (nếu có nhu cầu).